导引段是协助导弹追踪目标和进行控制的部分，常见的导引方式包括乘波导引、主动雷达导引与红外线导引等。根据制导方式的不同，导弹也具有不同的弹道。最早期的无线电制导导弹在发射之后受到发射者的无线电指令的引导，调整弹道，攻击目标，一般弹道比较简单，但是抗干扰能力较差，只要在制导的无线电波段上进行干扰，导弹几乎无法命中目标。主动雷达导引的导弹的弹道一般由计算机根据弹上的电子海区图预设，发射之后一般先爬升到经济飞行高度，以一定的速度飞行，当接近目标时，弹上的雷达开机，锁定目标，同时导弹进入攻击状态。攻击状态的弹道有两种，一种是导弹降低到海面10米以下飞行，躲避对方雷达的侦测和防空导弹的拦截，同时加速，直至命中；还有一种是导弹先降低高速，在距离目标5公里左右的距离时突然爬升至距海面几百米的目标上空，然后突然掉转向下以接近垂直的角度加速俯冲，这种末端弹道利用大多数军舰的防卫武器的盲区在头顶的特点，攻击成功率较高。

推进段提供导弹飞行的动力与改变航向与姿态的能力，常见的推进方式分为火箭发动机和涡轮发动机两种。火箭发动机是反舰导弹最初的形态的发动机，在动力舱内预置氧化剂和还原剂，发动机工作不依赖外部的空气。这种发动机的优点是具有较好的加速性能，很容易达到超音速，一般采用这种发动机的导弹全程平均速度较高，但是由于火箭燃料技术的限制，这种动力舱的价格非常昂贵，且体积巨大，一般的中近程、中小威力的反舰导弹不适于采用。采用这种推进方式的导弹集中于俄罗斯生产的远程、超音速、重型反舰导弹中（这种导弹是苏联时代对抗美国航母的专用导弹）涡轮发动机的原理与喷气式飞机上的涡轮发动机原理相似，有涡轮风扇发动机和涡轮喷气发动机两种。这种动力段内只携带燃料，化学反应中的氧化剂由外界的空气中的氧气提供，所以采用这种发动机的导弹一般有明显的进气口。由于对空气的依赖和加速性能上的不足，一般这种发动机的导弹不具备超音速能力。涡轮发动机最值得称道的是飞行的经济性和稳定性，这使得这种动力段能够帮助导弹以相对较小的体积飞行较长的距离，同时在飞行过程中也便于制导和控制。北约国家生产的反舰导弹一般采用涡轮发动机。