Кишинёв впервые упоминается в грамоте 1436. Статус города получил в 1818 после вхождения в состав Российской империи, статус муниципалитета — в 1995.

Наиболее распространённая версия, отмеченная более 125 лет назад[уточнить] в Новороссийском календаре, относит название города к старомолдавскому названию Кишла ноуэ — «новый хутор». Само слово «кишла» является заимствованием турецкого слова kışla со значением «барак». В Бессарабии это слово употребительно и означает «небольшой посёлок, хутор». Из-за характера образования названия (одна часть тюркская, другая — молдавская) современные[уточнить] исследователи сомневаются в справедливости этой точки зрения[4].

Изначально топонимы с элементом кишенёв встречаются в документах родом из тех территорий, которые были захвачены тюрками в XV в. и потом в течение нескольких столетий оставались местом концентрации кочевников, поэтому некоторые исследователи предполагают, что название города имеет не романское, а тюркское происхождение. Они считают, что слово произошло от половецкого слова «кишения» (кыпчак. kesene), означавшего «место погребения, мавзолей». Во многих местах, в названии которых находилась составляющая часть кишенёв, например, Кишеньки Оржицкого района Полтавской области Украины, когда-то были внешние признаки древних захоронений — в виде мавзолеев, памятников и надгробий. Такие погребения могли принадлежать печенегам и половцам, обитавшим в Причерноморье в начале II тысячелетия н. э. или же татаро-монголам, занявшим этот край в XIII веке. О существовании в районе современного Кишинёва печенежских погребений свидетельствуют археологические раскопки[5]. Другие версии связывают название с венгерским Kisjenő — «маленький Йено» (Йено — одно из венгерских племён, пришедших в Европу в 896 году). В западной Румынии на границе с Венгрией есть город Кишинеу-Криш (венг. Kisjenő или Chişineu-Criş), но доказательств, подтверждающих связь в происхождении названий этих городов, не найдено.[источник не указан 448 дней]

Топонимический словарь утверждает, что название произошло от др.-молд. кишин-эу, кишнэу, что означает «колодец, родник, источник»[6].

После распада Советского Союза наметилась тенденция к изменению названий населённых пунктов Молдавии, в частности, началось активное внедрение слова «Кишинэу» в русский язык. В современной Молдавии это название часто используется как в официальных, так и в неофициальных документах на русском языке[7]. В России принято написание Кишинёв[8].