箱线图是统计学中较常见的图形之一。这篇文章将讲述如何简单比较两组或多组的平均值，且添加显著性标记。

通常情况根据显著性p值的数值大小，分为四类： （1）0.01≤p<0.05，* （2）0.001≤p<0.01，** （3）0.0001≤p<0.001，*** （4）p<0.0001, **** 接下来会讲述三种添加显著性标记的方法。 方法1-手动添加

1：创建数据，绘制箱线图。 library(ggplot2) ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+geom_boxplot()

2：手动添加显著性标记。 library(ggplot2)

df2 <- data.frame(a = c(2,2,3,3), b = c(8,8.1,8.1,8)) ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+ geom_boxplot()+

geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) +

annotate("text", x = 2.5, y = 8.2, label = "***", size = 8)

该方法的缺点是：在手动添加显著性时，需要确认显著性的P值的大小。 方法2-使用ggsignif

1：下载并安装ggsignif包。 install.packages("ggsignif")

2：创建数据，绘制箱线图。 library(ggplot2) library(ggsignif) ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + geom_boxplot()

3：利用ggsignif R包添加显著性标记。 library(ggplot2) library(ggsignif) ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + geom_boxplot() +

geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")),

map_signif_level=TRUE) 方法3-使用ggpubr

1：下载并安装ggpubr包。 install.packages("ggpubr")

2：创建数据，绘制箱线图。 library(ggpubr)

my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica")) ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")

3：利用ggpubr R包添加显著性标记。 library(ggpubr) my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica")) ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")+

stat_compare_means(label.y = 9.5)+

stat_compare_means(comparisons=my_comparisons, label.y = c(7.6, 8.4, 8.0), label ="p.signif")

该R包可以增加多个组间的p-value值，还可以增加指定组的组间比较。