九阴真经自创成之后，就被黄裳藏在一个神秘的所在，《九阴真经》原本分为上、下两册。

直至两宋之间的时代，《九阴真经》出世，由于真经载有破解各大门派武学的方法，更是天下武学总纲，遂引起江湖群雄的争夺，掀起一番腥风血雨。

全真教掌教王重阳“中神通”为免江湖仇杀不断，提出“华山论剑”，胜者为“天下第一高手”，并可拥有《九阴真经》。

桃花岛岛主黄药师（东邪）、西域白驼山山主欧阳锋（西毒）、大理皇帝段智兴（南帝）、丐帮帮主洪七公（北丐）应邀，经历七日七夜的论剑，四大高手均被王重阳折服，推王重阳为“天下第一高手”。

王重阳取得真经上下册，将之藏于蒲团之下，未有修习真经武学，并要求全真教门下，不得习练其中武学。

王重阳在将死之前，发现西毒欧阳锋在终南山出没，意欲盗取真经，遂假装逝世，引欧阳锋来袭，乘机以附有先天功的一阳指损伤欧阳锋的蛤蟆功功力。再将《九阴真经》交给师弟老顽童周伯通保管。

周伯通为遵循王重阳遗愿，决定藏匿《九阴真经》，他将上册经书藏好后，欲将下册经书藏匿时，路遇东邪黄药师冯蘅夫妇。周伯通与东邪黄药师打赌而败，将《九阴真经》（下册）借给黄夫人观阅。不曾想黄夫人有过目不忘的记忆力，竟将《九阴真经》（下册）全部记下。黄药师夫妇欺骗周伯通，让周伯通自毁《九阴真经》（下册）原本，黄夫人回岛后立即依靠记忆力默写出下册经书。

黄药师徒弟梅超风、陈玄风偷黄夫人手书的《九阴真经》（下册）出岛，两人习得经书上的武功，成为名震江湖的黑风双煞。黄夫人为解黄药师之愁，强撑再次默写《九阴真经》（下册），却灯枯油尽而逝。

周伯通得知被黄药师夫妇欺骗，拿着经书上册到桃花岛讨要说法，因武功不敌黄药师被关押15年，但始终没有将经书上册交于黄药师。

陈玄风为携带《九阴真经》（下册）方便，将其内容刺在自己胸口皮肤上，并毁掉黄夫人的手抄本。