1963年，新加坡連同當時的馬來亞聯合邦、砂拉越以及北婆羅洲（現沙巴）共組成立馬來西亞聯邦，進而完全脫離英國統治。在馬來西亞期間，李光耀和當時的馬來西亞聯邦政府在種族權利分配上意見不合，李光耀主張以「馬來西亞人的馬來西亞」的民族平等方式，反對「馬來人至上」的保護政策。人民行動黨與執政馬來民族統一機構（巫統）的政治較量更在1964年7月及9月兩次引發新加坡種族騷亂。

1963年，新加坡連同當時的馬來亞聯合邦、砂拉越以及北婆羅洲（現沙巴）共組成立馬來西亞聯邦，進而完全脫離英國統治。在馬來西亞期間，李光耀和當時的馬來西亞聯邦政府在種族權利分配上意見不合，李光耀主張以「馬來西亞人的馬來西亞」的民族平等方式，反對「馬來人至上」的保護政策。人民行動黨與執政馬來民族統一機構（巫統）的政治較量更在1964年7月及9月兩次引發新加坡種族騷亂。